【実務】個人から医療法人への「資産移転・名義変更」ガイド｜医療機器や賃貸契約の注意点

医療法人化を検討し始めると、

「資産はいつ移せばいいのか」
「名義変更はどこまで必要なのか」

といった疑問が出てきます。

不動産や医療機器、各種契約などは、法人設立と同時に自動で名義が切り替わるものではありません。

売買・現物拠出・賃貸借など、選択する方法によって税務処理や資金の動きが変わります。

本記事では、個人資産を法人へ移す際の主な方法と実務上の注意点、名義変更の流れを解説します。

医療法人化で必要となる資産移転の全体像

医療法人の設立では、所管の認可庁（都道府県知事または政令指定都市の市長）が、以下のスタンスで設立要件を満たしているかを確認します。

• 設立時に必要な運転資金が確保されているか
• 医療を継続できる体制が整っているか

たとえば神奈川県では、次のように定められています。

このように、設立時点で法人として運営できる財務体制が整っていることが求められます。

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そのうえで、個人名義の資産や契約については、別途、移転や名義変更の手続きが必要になります。

では、これらの手続きはいつ行うのでしょうか。

いつ行うのか

タイミングは大きく分けて2段階あります。

認可申請前
→ 引き継ぐ資産を確定し、財産目録や事業計画へ反映させる

設立登記後
→ 実際に契約切替や名義変更、売買手続きを行う

申請前に内容を確定しておかないと、認可後に修正が生じ、手続きがやり直しになることがあります。

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何を整理するのか

主な対象は次のとおりです。

• 不動産（土地・建物、テナント契約）
• 医療機器、車両、在庫
• リース契約
• 銀行口座
• 保険医療機関指定や各種契約

これらのうち、不動産や医療機器などの個人資産については、引き継ぎ方法が一つではありません。

次章で具体的な手法と違いを整理します。

個人資産を医療法人に引き継ぐ3つの方法

個人資産を医療法人へ移す方法は、実務上次の3つです。

① 売買（譲渡）
② 現物拠出（基金拠出）
③ 賃貸借

どの方法でも自由に選べるわけではなく、資産の種類や契約状況によって選択肢が決まる場合があります。

① 売買（譲渡）

個人が保有する資産を法人へ売却し、所有権を法人へ移転する方法です。

所有権が法人へ移転するため、不動産の登記や各種登録名義の変更手続きが必要になります。

② 現物拠出（基金制度を利用する方法）

基金制度を利用し、金銭以外の財産を法人へ拠出する方法です。

神奈川県でも基金は「金銭その他の財産」とされていますが、現物を拠出する場合は評価の妥当性や添付資料の確認が行われます。

形式は売買ではありませんが、所有権移転を伴うため名義変更が必要になります。

③ 賃貸借

個人が所有する資産の名義を移さず、医療法人へ貸し出す方法です。

【実務手順1】不動産（土地・建物）の契約切り替

ここからは具体的な実務手順を解説します。

まずは、診療所の物件契約を個人から法人へ切り替える実務を解説します。

物件が「賃貸（テナント）」か「自己所有（個人資産）」かによって、必要な手続きが異なります。

賃貸（テナント）の場合

現在借りている物件の契約名義を「院長個人」から「医療法人」へ変更する流れです。

ステップ1　貸主（オーナー）への事前相談と承諾

医療法人化にあたり、借主を法人に変更したい旨を伝え承諾を得ます。借主変更は契約当事者の変更に当たるため、貸主の同意が必要です。

診療所の開設者は法人となるため、原則として法人名義で物件を使用できる状態にします。

ステップ2　【認可申請前】契約書（案）または覚書の作成

設立認可申請では、法人が診療所を使用できる法的根拠を示す書類の提出が求められます。

そのため、法人設立後に効力が発生する契約書（案）または覚書を準備します。

ステップ3　【設立登記後】名義変更の完了

法人の設立登記完了後、登記簿謄本（履歴事項全部証明書）を貸主に提出し、正式に借主名義を法人へ切り替えます。

自己所有（個人資産）の場合

院長個人が所有する土地・建物を、医療法人が借り受ける場合の流れです。

ステップ1　【認可申請前】適正賃料の検討と資料確保

個人と法人で賃貸借契約を結ぶ場合、賃料は相場を基準に設定します。不動産会社の査定などを参考にし、根拠資料を保管しておきます。

相場とかけ離れた金額にすると、法人側で税務上の問題が生じることがあります。

ステップ2　【認可申請前】利益相反取引への対応と理事会承認

院長個人と医療法人との間で賃貸借契約を結ぶ場合は、利益相反取引に該当します。

そのため、契約内容を理事会に開示したうえで承認決議を行い、議事録を作成します。院長本人は当該契約の議決に参加できません。

ステップ3　賃貸借契約の締結と税務届出

理事会承認後、個人と医療法人で賃貸借契約を結びます。土地を無償で貸す（権利金なし）場合は、税務上の届出が必要になることがあります。

該当するかは税理士に確認してください。

【実務手順2】医療機器・車両・在庫（棚卸資産）の引き継ぎ

医療機器や医薬品などの資産移転は、次の流れで進めます。

ステップ1　認可申請前｜引き継ぎ資産の確定

設立認可申請前に、法人へ引き継ぐ資産を確定します。

固定資産台帳を基に次の資産を洗い出し、一覧にまとめて財産目録を作成します。

なお、神奈川県では設立認可申請時に財産目録の提出が求められます。

価格は原則として時価を基準に検討します。

帳簿価額を参考にする場合もありますが、妥当性は個別に確認します。帳簿価額が1円の資産も記載します。

あわせて、設立総会で財産目録を承認し、リース契約の承継可否を事前確認を行います。

ステップ2　設立登記後｜資産の移転手続き

医療法人は設立登記の日に成立するため、所有権移転や契約変更は登記後に行います。

主な手続きは次のとおりです。

売買とする場合は対価の支払いが必要です。現物拠出とする場合は、定款・議事録との整合を確認します。

ステップ3　診療開始前｜在庫の確定

医薬品などの在庫は、個人診療の最終日に実地棚卸を行います。

棚卸表は個人から法人への譲渡根拠として保存しましょう。

【実務手順3】銀行口座・諸契約の名義変更

不動産や医療機器の整理と並行して、金融機関や各種契約の名義を個人から法人へ切り替えます。

銀行口座の開設

法人口座は、設立登記後に開設します。

履歴事項全部証明書、法人印鑑証明書、定款写しなどを取得し、金融機関へ申請しますが、審査に一定期間を要することがあります。

口座開設後、公共料金、リース料、医薬品代などの引落口座を順次法人名義へ変更します。

諸契約の名義変更

以下の契約も法人名義へ切り替えます。

• 医薬品卸、検査会社との取引契約
• 医師賠償責任保険などの保険契約
• 電気・水道・ガス・電話・インターネット回線
• 医師会、学会等の登録情報

リース契約は所有権がリース会社にあるため、自動的には承継されません。事前協議と承諾が必要です。

社会保険・労働保険

法人設立後は、原則として健康保険・厚生年金の新規適用手続きが必要です。

また、労働保険（労災保険・雇用保険）も法人として新たに適用届を提出します。

行政手続きと資産移転のスケジュール

資産移転は、行政手続きと並行して進めます。

特に保険診療を止めないためには、登記日と「保険医療機関指定日」の調整が重要です。

設立登記（法務局）

都道府県の設立認可後は、法人の所在地を管轄する法務局で設立登記を行います。

自治体の手引きでは、認可後一定期間内（例：2週間以内）に登記することとされている場合があります。

登記をした日が医療法人の成立日となるので、この日を基準に、銀行口座の開設や各種契約の名義変更を進めます。

登記事項には、法人名・目的・役員の氏名のほか、拠出財産の総額などが記載されます。

登記事項届（都道府県への届出）

設立登記が完了した後は、所轄庁（都道府県）へ登記事項届の提出が必要です。

提出時期は「登記後遅滞なく」とされるのが一般的ですが、自治体によっては「2週間以内」など具体的な期限を定めている場合もあります。

様式や提出方法、添付書類は自治体ごとに異なるため、所轄庁の手引きを確認してください。

出典：神奈川県 医療法人運営の手引き

診療所の切替（保健所）

法人設立後、法人名義で診療所の開設届を提出し、同時に個人診療所の廃止届も提出します。

開設届の内容は、設立認可申請時の定款や財産目録、登記内容と整合している必要があります。

神奈川県では、認可内容と開設届出内容の整合が確認されます。

保険医療機関指定（厚生局）

医療法人として保険診療を行うには、法人名義で保険医療機関指定申請を行います。

申請先は管轄の地方厚生（支）局で、指定日は原則として申請受理月の翌月1日です。

個人から法人への切替であっても、指定は原則として法人での新規申請扱いとなります。

ただし、開設者変更後も診療が継続し、一定の要件を満たす場合には遡及指定が認められることがあります。

詳細は管轄の地方厚生（支）局へ事前確認してください。

医療法人化の資産移転で失敗しないための注意点

資産移転の実務では、単なる名義変更だけでなく、個人事業主としての整理と、法人としての法令遵守を両立させる必要があります。

特にトラブルが起きやすいポイントを確認しておきましょう。

1. 小規模企業共済は法人へ承継できない

個人事業を廃止した場合、小規模企業共済の契約を法人へそのまま引き継ぐ制度はありません。

退職・廃業などの事由に応じて、解約または共済金の受給手続きが必要になります。

受け取る手当金の課税区分は、受取方法（一括か分割か）や事由によって異なります。

一括受取の場合は退職所得として扱われるケースが一般的ですが、他の所得との兼ね合いで税額が変動するため、受給時期を含めて事前に試算しておく必要があります。

2. 個人事業口座はすぐに解約しない

法人設立後も、診療報酬（個人請求分）の入金や、クレジットカード・公共料金の引き落としなど、個人事業時代の入出金はしばらく残ります。

そのため、すべての入出金が整理できるまで、個人口座は一定期間維持するのが実務上一般的です。

公共料金やカード引落の切替には時間がかかることも考慮しておきましょう。

3. 譲渡価格は原則として「時価」を基準にする

医療機器や備品を個人から法人へ移す行為は、税務上は原則「譲渡（売買）」に該当します

譲渡価格は原則として「時価」を基準に検討します。実務では帳簿価額（簿価）を参考にする例もありますが、必ずしも一致するとは限りません。

価格が著しく低い場合や高額すぎる場合は、妥当性が税務上問題となる可能性があります。

また、個人が消費税の課税事業者である場合は、課税資産の譲渡に該当する取引について、消費税の申告が必要になることがあります。

4. 理事長個人との取引は「理事会の承認」が通常必要

医療法人設立後、理事長個人と医療法人との間で不動産賃貸や資産売買を行う場合、利益相反取引に該当する可能性があります。

この契約を行うには、理事会での承認手続きが必要となるのが通常です（※理事長本人はその議決に参加できません）。

この手続きを経ずに契約すると、後に契約の有効性が問題となる可能性があります。

5. 補助金は自動で承継されない

個人名義で採択された補助金・助成金は、法人へ自動移転されません。

交付要綱によっては、名義変更不可であったり、資産移転により返還対象になったりする場合があります。

資産を法人へ移す前に、必ず交付元の担当窓口へ確認してください。

6. リース契約は一方的に変更できない

医療機器がリース契約の場合、所有権はリース会社にあります。法人へ自動的に引き継がれることはありません。

通常は承諾や再審査が必要になります。

事前協議なしで進めると、条件変更や契約不可となることがあるため注意が必要です。

7. 法人化直後は資金繰りに注意する

法人化直後は、保険医療機関指定の手続きや振込先変更のタイミングによって、診療報酬の入金時期がずれることがあります。

また、設立時に必要資金を法人へ拠出した結果、手元資金が想定より少なくなるケースもあります。

設立後しばらくは、資金繰りに余裕をもって準備しておくことが重要です。

医療法人化に伴う資産移転・名義変更は「準備」がカギ

医療法人化は制度上の手続きが多く、中でも資産移転は実務負担の大きい工程です。

トラブルなく進めるためには、以下の3つの時期に分けて整理することをお勧めします。

• 認可申請前：資産リストを作成し、移転方法（売買・賃貸）の方針を決める
• 設立登記後：銀行・リース・諸契約の名義変更を速やかに進める
• 移行期：資金繰りを確認し、借地権認定や無償返還届出の要否も確認する

ご自身での判断が難しい場合は、医療法人実務に詳しい専門家へ早めに相談し、余裕を持ったスケジュールで進めてください。

澤奈緒子（さわなおこ）

ライター・編集者

宅地建物取引士、2級FP技能士。不動産会社での実務経験を経て、10年以上にわたり専門記事の企画・執筆・編集に携わっています。会計や税務といった複雑なテーマを紐解き、実務の視点から、経営者の皆さまに役立つ情報を分かりやすく解説しています。