【時期】医療法人の設立スケジュール徹底解説｜都道府県の認可時期と申請のデッドライン

医療法人は、株式会社のように好きなタイミングで設立できません。仕組みを知らずに動き出すと、

「今年中に法人化したかったのに、申し込み期限が過ぎていた」
「4月の開院を目指していたが、書類に不備があってできなかった」

といった事態になりがちです。

本記事では、
・医療法人の申請から法人として診療を始めるまでにかかる期間
・都道府県ごとに異なる認可時期と申請の締め切り
・いつまでに何を準備すれば間に合うのか

これらを具体的に解説します。スケジュールを確認しながら進めていきましょう。

医療法人申請から法人運営開始までにかかる期間の目安

医療法人の設立は、申請して終わりではなく、準備から法人として診療を始めるまで、一般的に半年〜1年程度かかります。

一般的な流れは次のとおりです。

医療法人設立の全体像について知りたい方は、以下の記事を参考にしてください。

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医療法人設立のスケジュールで重要な手続きは「事前相談」

多くの自治体では、申請に進めるかを判断するため、事前相談が設けられています。

事前相談は、自治体によって「事前審査」「事前確認」「仮審査」「仮申請」など、呼び方が異なります。

つまり、事前相談を行ってみないと、開院までのスケジュールは見通せないということです。

事前相談では、主に次の点がチェックされます。

• 役員構成が制度要件を満たしているか
• 法人に引き継ぐ資産内容が確定しているか
• 借入金やリース契約の承継関係が整理されているか
• 事業計画・収支計画に無理がないか
• 申請書類が様式・記載ルールどおりに作成されているか

これらの点について不安がある場合は、医療法人設立に詳しい専門家への相談も検討してください。

また、事前相談の進め方は自治体ごとに異なります。

一般的に、医療法人設立の相談や申請に関する窓口は、各都道府県庁の担当課（医務課、医療政策課、医療指導課など）になります。

管轄する自治体の運用を事前に確認しておきましょう。

神奈川県・東京都の認可時期と申請デッドライン

ここでは、神奈川県と東京都のスケジュール例をまとめます。

※以下は、令和7年度までの各自治体公表資料をもとにした目安です。必ず最新の日程は各自治体の公式HP、または当事務所へ事前にご確認ください。

神奈川県の認可時期・申請スケジュール

神奈川県は年2回（春・秋）の受付です。申請前の素案提出と事前審査を重視する運用が特徴です。

なお、政令市（横浜市・川崎市・相模原市）にのみ医療機関を置き、医療法人を市内に設立する場合の申請では、申請窓口が県ではなく各市になります。

参考：神奈川県「医療法人設立の手続き」

東京都の認可時期・申請スケジュール

東京都は年2回（3月・8月）、本申請の受付があります。

東京都では、他県のように申請内容に関する対面による相談対応は行っていません。

そのため、まずは東京都が公開している「医療法人設立の手引き」を確認し、様式や記載要領に沿って書類を整えておくことが前提になります。

参考：東京都「医療法人の設立・運営」

医療法人を設立する前に押さえておきたい前提条件

医療法人化を決めたあと、最初に確認しておきたいのが「制度上の前提」です。

制度を誤解したまま進めると、スケジュールに大きなズレが生じます。

認可と法人運営開始は同じタイミングではない

設立認可が下りても、その日から法人として診療を始められるわけではありません。

認可後は、次の手続きを順番に進める必要があります。

1. 認可後2週間以内に、法務局で設立登記を行う
2. 登記完了後、個人診療所の廃止と法人診療所の開設手続きを行う
3. 管轄の地方厚生局へ、保険医療機関指定の申請を行う

保険医療機関指定には月ごとの締切があり、提出が遅れると法人としての診療開始が1か月ずれることがあります。

管理者が同一の場合、開設日に遡って保険診療が認められるケースもありますが、手続きの遅れによって保険診療が行えない期間が生じる可能性があります。

必要書類と情報は申請前に揃える

医療法人の申請は、申請書（素案）を出す時点で、法人の運営に直結する情報はすべて確定している必要があります。

以下の項目は、事前に内容を固め、関係先との調整を終えておく必要があります。

上記の内容を裏付けるため、次のような書類も求められます。

これらの内容と書類が揃っていない場合、事前審査の段階で手続きが進まないことがあります。

書類作成は専門家との並行が前提になる

医療法人の申請では、申請書（素案）を出す時点で、運営に直結する情報と書類が一通り揃っている必要があります。

ただし、これらを院長が一人で判断・作成するのは難しいのが実情です。

理由は、役員報酬・借入金の引継ぎ条件・法人化後の収支見込みなど、あとから簡単に変えられない数字を先に決めて書く必要があるためです。

たとえば、

• 借入金やリース契約の承継は、金融機関との事前協議が前提
• 役員報酬や収支予算は、税務上の扱いを踏まえて設計が必要
• 社会保険の適用関係は、法人化後の体制を見据えて整理が必要

このように、書類を作る前に外部との調整が終わっていないと書けない項目が多くあります。

そのため実務では、医療法人化を決めた段階で、税理士や必要に応じて金融機関と並行して準備を進めるのが一般的です。

医療法人設立スケジュールでつまずく典型パターン

医療法人の設立で「予定していた開設日に間に合わない」事態は、多くの場合、制度や手続き上の見落としから起こります。

代表的なつまずきポイントを整理しておきましょう。

事前相談の予約が取れていない

神奈川県などの都市部をはじめ、多くの自治体では本申請の前に「事前相談」や「説明会の受講」の実施が一般的です。

これらは予約制であり、自治体によっては受付期間がわずか数日〜1週間程度に限られているケースもあります。

事前相談の予約が取れない場合、その期の申請ができず、自動的に次回の申請機会（多くは半年後）まで待機することになります。

「書類が整ってから相談すればよい」と考えていると、申請スケジュールそのものに乗れなくなる可能性があるため、まずは受付日の確認が最優先です。

メンバーと資産の確定ができていない

医療法人では、理事や監事などの役員構成をあらかじめ確定させる必要があります。

役員の人数や「親族以外の監事が必要」といった構成要件は自治体の運用によって異なるため、早い段階で確認しておかないと、人選の調整に時間がかかります。

また、法人に引き継ぐ現預金や医療機器などの資産を確定させないと、財産目録を作成できません。

財産目録は、ほぼすべての申請書類の基礎となる数値なため、ここが止まると書類作成全体がストップしてしまいます。

書類の内容や数字が食い違っている

医療法人の申請では、定款案、事業計画書、収支予算書、財産目録など、複数の書類間で金額や内容が完全に一致していることが求められます。

これらに不整合がある場合、事前相談（事前確認・仮審査）の段階で申請に進めず、内容を整え直す必要が生じます。

その結果、準備に時間を要し、その期の本申請受付に間に合わなくなるケースがあります。

借入金・契約の引き継ぎが整理できていない

個人時代の借入金を法人に引き継ぐ場合、金融機関から「債務承継に関する承諾」を得る必要があります。

銀行内部の審査には相応の時間がかかるため、準備が遅れると申請期限までに承諾書が間に合いません。

また、診療所の賃貸借契約についても、法人への名義変更が可能か事前に確認しておく必要があります。

「必着」のデッドラインに間に合わない

自治体によっては、申請書類の提出方法として「郵送必着（消印無効）」を採用しています。

代表的な例として東京都などが挙げられますが、締切日の指定時刻までに窓口へ到着していなければ、いかなる理由があっても受理されません。

最終日の消印で発送しても、翌日到着した時点でその期の申請はできなくなります。

配送遅延などの不可抗力が考慮されないケースも多いため、提出期限は数日前を目安に設定しておくことが鉄則です。

保険診療の「空白期間」を見込んでいない

厚生局への保険医療機関指定申請には、月ごとの締切日（毎月10日頃など）が設定されており、これを逃すと指定日が1か月遅れることになります。

この申請は「保健所の開設許可後」でなければ行えないため、手続きの連鎖が1日でも滞ると致命的です。

一定の条件を満たす場合には、開設日に遡って保険診療が認められる「遡及適用」もありますが、自治体や状況により必ず適用されるわけではありません。

不備によって保険診療が行えない空白期間が生じると、その間の収益がゼロになる経営リスクには十分な注意が必要です。

まとめ｜医療法人設立は、自治体の運用を確認したうえで準備を進める

医療法人設立で多い失敗は、「いつから法人で診療開始するか」を先に決めてしまうことです。

医療法人の設立を決めてまず行うべきなのは、管轄自治体がいつ・どのような流れで申請を受け付けているのかの確認です。

自治体によっては、申請前に事前相談や説明会の受講、申請書（素案）の提出を求められる場合があります。

一方、東京都のように事前相談の機会が設けられておらず、手引きに沿って書類を完成させ、本申請で一括して判断される運用を採っている自治体もあります。

まずは、自治体独自の医療法人設立申請の進め方を把握し、自院の現在地を確認することから始めてください。

医療法人化の流れ全体や判断の考え方については、別記事でロードマップ形式で整理しています。

澤奈緒子（さわなおこ）

ライター・編集者

宅地建物取引士、2級FP技能士。不動産会社での実務経験を経て、10年以上にわたり専門記事の企画・執筆・編集に携わっています。会計や税務といった複雑なテーマを紐解き、実務の視点から、経営者の皆さまに役立つ情報を分かりやすく解説しています。